Seleccio UCSFChimera

Chimera permet una selecció força intuïtiva de les regions d'interès amb les opcions ofertes en el menú select. Us adonareu, però, que la utilització de línies de comandaments és molt més rapid, sobre tot per a tasques repetitives o seleccions complicades.

Aquí us dono una serie d'exemples de línies de comandaments que us pot facilitar la vida. Primer de tot, heu de tenir el prompt de la linia de comendament activitat. Aquest es troba a baix de tot, sota la zona de representació gràfica tot seguit la paraula

Command:

Si no veieu aquesta linea, heu d'activar-la anant:

Favorites -> Command Line


Una vegada la linea de comandaments activada, podeu començar a treballar sobre la proteïna en si. Podeu carregar una estructura de proteïna (per exemple una estructura de la transcriptasa inversa del HIV-1 amb codi pdb 1lwx) i practicar una mica les funcionalitats següents:

1. Seleccionar una única cadena:
molts pdbs comporten més d'una copia de la proteïna depenent de com s'ha cristal·litzat. El comandament per seleccionar només una cadena és:

select :.a (per la cadena a)


2. Seleccionar l'àtom de magnesi d'una de les cadenes:

select :Mg.a

3. Seleccionar tots els residus que tenen com a mínim un atom a menys de 5 Angstroms de l'atom de magnesi d'una de les cadenes:

select :Mg.a zr<5.0

o, comenceu amb la selecció feta en 2 i després executeu:

select selection zr <5.0

4. Seleccionar els àtoms que apartenyen al rotamer B d'un residu

select @/altLoc=B


5. Esborrar uns àtoms amb selections

volem guardar nomès els residues a 5 angstroms de la cadena A del fitxer pdb (en aquest cas, només són molècules d'aigua):

select :.a z < 5.0

seleccionem les molècules a menys de 5 angstroms de la cadena A

select invert o select ~selection

inversem la selecció

delete selection

(esborrem aquesta selecció)

6. Seleccionar àtoms pels seus nombres

Únicament des de la linia de comandament és possible seleccionar atoms pel seu identificador numéric. Per això, cal fer:

sel @/serialNumber=450

(per seleccionar l'àtom 450 del pdb)

6. Seleccionar àtoms pel seu nom 

Des de la linia de comandament és possible seleccionar atoms pel seu nom pdb. Per això, cal fer:

sel @nom

per exemple, si volem mostrar tots els carbonis alfas i nitrogens de la cadena principal, hem de fer 

display @ca | @n

Campus d'excel·lència internacional U A B