Aquí teniu una llista de funcions de chimera a les quals podeu accedir des de el command line o des de els menus del mateix programa
| Funció | comandament | Menu |
| obrir un fitxer pdb | open + 4lletres pdb |
file-> fetch by ID (online) file -> open (on site) |
| Guardar session chimera | save | file -> Save Session As ... |
| seleccionar atoms,residus, cadenes, etc. | select selection | Select -> selection |
| seleccionar una zona a partir d'una selecció anterior | select sel (o nom de la selecció) zr < X (on X és la distancia a la qual es troba com a mínim un àtom dels residues que poden apareixer seleccionats)selection | Select -> selection |
| Nombrar una selecció donada | namesel | Select -> Name Selection |
| seleccionar una selecció previament nombrada | select name_selection | Select -> Named Selection |
| representar els àtoms en ball & stick | represent bs selection | Actions -> Atoms & bonds -> ball & stick |
| representar àtoms en wire | represent wire selection | Actions -> Atoms & bonds -> wire |
| mostrar/amagar uns objectes donats (desapareixen els altres) | show selection/ ~show selection | Actions-> Atoms & bonds -> show only/hide |
| mostrar/amagar uns objectes donats (es queden els altres) | display selection/~display selection | Actions-> Atoms & bonds -> hide |
| mostrar/amagar les estructures secondaries | ribbon/~ribbon | Actions-> ribbons -> show/hide |
| Guardar una representació/orientació | savepos name_pose | none |
| Tornar a una representació/orientació guardada | reset name_pose | none |
| Generar animacions entre diferents orientacions guardades | fly n_steps name_posea name_poseb | none |
| aliniar dues estructures | mmaker #0 #1 | Tools -> structure comparison -> MatchMaker |
| etiquetar els residues d'une selecció | rlabel selection | Actions -> label -> Residue |
| Modificar els labels de residues al format AMA NUM | labelopt resinfo %(name)s %(number)s | |
| Canviar el color de fons |
back option color option = solid o gradient |
